কেন্দ্রীয় স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী অমিত শাহের রাজ্য সফরকালে মুসলিম কর্মকর্তাদের প্রতি বৈষম্যের অভিযোগ তুলে জাতীয় সংখ্যালঘু কমিশনের (এনসিএম) দ্বারস্থ হয়েছিলেন তৃণমূল সাংসদ মহুয়া মৈত্র। তবে কমিশনের সাম্প্রতিক তদন্তে উঠে এসেছে সম্পূর্ণ বিপরীত চিত্র। অভিযুক্ত তিন উচ্চপদস্থ কর্মকর্তা—আইপিএস জাভেদ শামিম, সৈয়দ ওয়াকার রাজা এবং আইএএস খলিল আহমেদ কমিশনের শুনানিতে স্পষ্টভাবে জানিয়েছেন যে তাঁরা কোনো ধরনের বৈষম্যের শিকার হননি। বারবার সুযোগ দেওয়া সত্ত্বেও মহুয়া মৈত্র শুনানিতে উপস্থিত হয়ে নিজ দাবির সপক্ষে কোনো প্রমাণ পেশ করতে ব্যর্থ হওয়ায়, কমিশন বিষয়টিকে রাজনৈতিক স্বার্থ চরিতার্থ করার উদ্দেশ্যে করা একটি ভিত্তিহীন উদ্যোগ হিসেবে চিহ্নিত করেছে।

জনমানসে সাম্প্রদায়িক বিভেদ সৃষ্টি ও সরকারি প্রতিষ্ঠানের মর্যাদা ক্ষুণ্ন করার মতো গুরুতর অভিযোগের প্রেক্ষিতে কমিশন কঠোর পদক্ষেপের নির্দেশ দিয়েছে। পশ্চিমবঙ্গের স্বরাষ্ট্রসচিব ও ডিজিপির সঙ্গে বৈঠকের পর, মহুয়ার বিরুদ্ধে ভারতীয় ন্যায় সংহিতার সংশ্লিষ্ট ধারায় এফআইআর দায়ের করার সুপারিশ করেছে এনসিএম। একই সঙ্গে পুরো ঘটনাটির নিরপেক্ষ তদন্ত করে অগ্রগতি রিপোর্ট জমা দেওয়ার জন্য রাজ্যের পুলিশপ্রধানকে নির্দেশ দেওয়া হয়েছে। রাজ্য সরকার ও প্রশাসনকে বিভ্রান্ত করার এই চেষ্টা আগামী দিনে কৃষ্ণা নগরের সাংসদের জন্য বড় আইনি জটিলতা তৈরি করতে পারে বলে মনে করা হচ্ছে।